Buenas tardes,

La casilla de sustitutiva, en la mayoría de los modelos se marca en la declaración original (la excepción es el modelo 390). Tendrás que eliminar la complementaria que has creado; en la original desbloquearla (si te da un mensaje que no puedes desbloquearla en el estado actual de presentada, tienes que ir al menú Administración tributaria/ Presentada/datos presentación y borrar los datos que figuran en ese apartado). Una vez desbloqueada, ya de dejará marcar la casilla de sustitutiva. 

En este link te lo explica de forma genérica para todos los modelos. 

Modelos declaración sustitutiva

Un saludo

Genial, así lo he hecho. Muchas gracias