Executa o atalho uma vez como administrador que deve resolver.

Já descobri o meu problema. Porque estava a ter problemas na comunicação do SATF de facturas à AT e porque a minha versão SQL era a de 2014 instalei a a versão 2016 do SQL e para migrar os dados de do servidor 2014 (SAGE) para o novo servidor 2016 (SAGEx64) criei no sistema uma nova entrada e o sistema sage transportou bem as BD de um servidor para outro. Até aqui tudo bem, o problema foi que eu fui aos serviços administrativos do computador e parei o serviço do SQL 2014 (SAGE) ficando só a funcionar o novo serviço SQL 2016 (SAGEx64). As aplicações de Salários, Contabilidade e Activos abrem com o SQL 2014 (SAGE) parado mas a Facturação só com ele iniciado. 

Actualmente na área de sistema da Sage for Accounts só tenho um servidor SQL registado (o de 2016 - SAGEx64) e uma única entrada com esse mesmo nome. Todos os registos de empresas e aplicações dos vários anos apontam também para o novo servidor (SAGEx64), a questão passa agora a ser o porquê do sistema me obrigar a ter o SQL Server de 2014 iniciado?

Obrigado pela atenção dispensada.