Regardez : Configuration - Paramètres - Paie - Salaire - Avantage.  Vous verrez Avantages et Avantages Qc

Avantages tout court ne déduit pas d'impôt au Québec (la case est décochée)

Est-ce que ça répond à votre question?

Effectivement, l'impôt provincial ne se calcul pas lorsque la case est décochée, la problématique provient du fait que ce montant se cumule tout de même dans la case A du Relevé 1 en fin d'année.