Buenos días Jaime Murguiondo ,

Trabajando con la configuración analítica seleccionada por almacén en facturación, podrás definir esa configuración desde el documento inicial para que se aplique una vez contabilices la factura, tanto para ventas como para compras:

Te dejo el enlace a la ayuda en el que se explica esa opción a configurar en el mantenimiento de empresa:

Empresa-Analítica (sage.es)

Espero que te sirva.

Saludos!