Hola Jordi, 

La limitación a la hora de publicar WS de tipo SOAP no está en el número de líneas si no en el número total de campos.

Como máximo podemos publicar 65.0000 teniendo en cuenta que un grid con dos campos y 1.000 líneas contará como 2.000 campos.

Un saludo.

como mucho 1250 líneas si usas objeto. Para más, usa los webservices que llaman a un modelo de importación. Así tendrás menos problemas. 

Que campos tienen en cuenta los que pasamos en el XML, los que tienen la pantalla de facturas o los que tenemos en la transacción de facturas como Entrada?

Tiene en cuenta los que estén como mostrados o introducción en la transacción. 

Siempre que no tengamos marcado el flag de "campos invisibles" en el Web Sservice