Buenos dias. Tienes que desmarcar el check de IVA importaciones en la tasa SP030,  ese check solo lo tienes que marcar para la tasa de IVA en Aduanas. 

un saludo

Buenos días Rafa, 

Así es como lo teníamos inicialmente y saltaba el error, y hemos probado a marcarle el check.

No sé dónde puede estar el problema...

Finalmente era porque los Datos Legales del Régimen del tercero tenían marcado ISP y código operación 340 I. Al dejarlo como el SEED ya se ha corregido el error del SII.