Ao acessar a função de fatura terceiro cliente em :

CONTABILIDADE TERCEIROS>FATURAÇÃO>FATURAS TERC. CLIENTES

No campo de Tipo fatura podemos selecionar o tipo de fatura para o nosso documento.

O problema é que poderemos usar um tipo de faturas de venda e é recomendável que as faturas criadas na contabilidade de terceiros tenham um tipo de fatura específica.

A finalidade da separação é impedir lançamentos a receber diretamente na contabilidade de terceiros, uma vez que os lançamentos a receber geralmente estão ligados a uma nota fiscal.

Para que as faturas de vendas não apareçam para seleção na função acesse:

PARAMETRIZAÇÃO>VENDAS>TIPOS DE DOCUMENTOS>TIPOS DE FATURA

Selecione na left list o registro desejado, no exemplo valor utilizar o documento BRNFC. Esse documento não poderá aparecer para seleção na entrada de fatura terceiro cliente. 

Localize agora o campo DOC.AUTO TERC.

Agora apague a informação do campo :

Clique em gravar:

Agora acesse novamente a função de fatura terceiro cliente e clique no campo de tipo de fatura.

Note que a opção BRNFC não aparece mais para seleção.